Sonic, Knuckles และ Tails ได้หวนกลับมารวมตัวกันอีกครั้งเพื่อปะทะกับ Shadow ศัตรูที่เก่งกาจตัวใหม่ ซึ่งเป็นวายร้ายที่มีพลังแข็งแกร่งกว่าที่พวกเขาเคยเจอมา ด้วยความแข็งแกร่งและพลังที่เหนือกว่า เหล่า Sonic จึงต้องพยายามค้นหาพันธมิตรที่ไม่คาดคิด เพื่อปกป้องโลกของพวกเขาและหยุดยั้ง Shadow วายร้ายที่ลึกลับ
