หลังจากที่ โคนัน เอโดกาวะ (พากย์เสียงโดย มินามิ ทาคายามะ), โมริ โคโกโร่ (พากย์เสียงโดย อากิระ คามิยะ) ได้ทำงานและปิดคดีต่างๆเป็นที่เรียบร้อยแล้ว ในตอนนี้พวกเขาก็กำลังพักผ่อนอยู่กับ โมริ รัน (พากย์เสียงโดย วากานะ ยามาซากิ) รวมไปถึงคนอื่นๆ แต่ทว่าเมื่อไม่นานมานี้ได้เกิดเหตุที่มีคดีการฆาตกรรมเกิดขึ้นไปทั่วทั้งเมือง อีกทั้งยังไม่สามารถตามหาตัวคนร้ายได้เจอ ซึ่งโคนันไปสืบรู้มาว่าคนร้ายตัวจริงเป็นหนึ่งในสมาชิกองค์กรชุดดำ ดังนั้นในช่วงเวลานี้โคนันกับ โมริโค โกโร่ จึงต้องการที่จะออกมาสืบหาตัวคนร้ายในคดีเหล่านี้อีกครั้ง และพวกเขาจะต้องจับคนร้ายตัวจริงมาลงโทษให้ได้
